我们亟需2019冠状病毒病（COVID-19）的有效治疗药物，但发现药物的最快方法是什么？有一种类似于橄榄球中“万福玛利亚长传”（Hail Mary）的方法，就是希望对其他病毒（例如丙型肝炎病毒或埃博拉病毒）有抗病毒活性的药物对COVID-19也有抗病毒活性。另外一种方法是我们可以合理地、特异地靶向严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的蛋白，从而中断其生命周期。
SARS-CoV-2基因组编码了病毒感染人体和复制过程中所需的约25种蛋白（图1），其中包括臭名昭著的棘突蛋白（spike protein，S蛋白）（S蛋白在感染最初阶段识别人类血管紧张素转换酶2）、两种蛋白酶（可裂解病毒和人类蛋白）、RNA聚合酶（可合成病毒RNA）以及内切核糖核酸酶（可裂解RNA）。寻找可与病毒蛋白结合并阻止其发挥作用的药物是合乎逻辑的研究方向，也是许多实验室的首选方向。
作者信息
Jerry M. Parks, Ph.D., and Jeremy C. Smith, Ph.D.
From the University of Tennessee–Oak Ridge National Laboratory Center for Molecular Biophysics, Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge (J.M.P., J.C.S.), and the Department of Biochemistry and Cellular and Molecular Biology, University of Tennessee, Knoxville (J.C.S.).
参考文献
1. Gorgulla C, Boeszoermenyi A, Wang ZF, et al. An open-source drug discovery platform enables ultra-large virtual screens. Nature 2020 March 9 (Epub ahead of print).
2. Amaro RE, Baudry J, Chodera J, et al. Ensemble docking in drug discovery. Biophys J 2018;114:2271-2278.
3. Smith MD, Smith JC. Repurposing therapeutics for COVID-19: supercomputer-based docking to the SARS-CoV-2 viral spike protein and viral spike protein-human ACE2 interface. ChemRxiv. March 11, 2020 (https://chemrxiv.org/articles/Repurposing_Therapeutics_for_the_Wuhan_Coronavirus_nCov-2019_Supercomputer-Based_Docking_to_the_Viral_S_Protein_and_Human_ACE2_Interface/11871402. opens in new tab).